Для языков RDF/RDFS в редакторе онтологий Protege функциональность иерархически организованных онтологий (см. intellect) реализуется посредством «Подключаемых проектов онтологий».

При разработке онтологии можно добавлять/удалять дополнительные онтологии путем выбора пункта меню «Project -> Manage Included Project».

Однако, в случае если онтологии не очень большие (до 50 объектов) более целесообразно использовать одну большую онтологию.

Кроме того, иногда существуют различные версии одной и той же онтологии. Так, Ваша замечательная онтология успешно эксплуатируется в каком-нибудь проекте, добавляются десятки или сотни экземпляров объектов в эту онтологию. А Вы создаете новую версию онтологии, которая лучше структурирована и имеет много других достоинств, но как внедрить ее в работающий проект?

Наиболее простым способом является использование специальных средств, которые позволят объединить различные онтологии (или версии онтологий) в единую новую структуру.

Для редактора онтологий Protege таким средством является плагин Prompt. Этот плагин имеет интуитивно понятный интерфейс, который позволяет в полуавтоматическом режиме объединять онтологии.

Prompt работает в пяти режимах:
1. Режим сравнения текущего проекта онтологии с его другими версиями (с возможностью показа изменений).
2. Режим отображения одной онтологии в другую с возможностью преобразования данных.
3. Режим извлечения части некоторой онтологии. В этом режиме часть некоторой онтологии может быть извлечена и добавлена в текущий проект.
4. Режим перемещения объектов(фреймов) между подключенными проектами. Этот режим применяется в иерархически организованных онтологиях.
5. Режим объединения двух онтологий. В этом режиме две онтологии объединяются, а результат объединения добавляется в текущий проект.

Рекомендую к использованию этот плагин!