Для обработки онтологий в стандарте OWL 2 можно использовать reasoner Owlgres.  Кстати, reasoner - это подсистема логического вывода; OWL 2 - следующая версия Web Ontology Language.

Чем Owlgres хорош? Во-первых, это опенсорсный продукт (а учитывая то, что он распространяется и по коммерческой лицензии,  есть вероятность, что проект быстро не погибнет). Во-вторых, в Owlgres поддерживается высокоскоростной логический вывод на основе дескриптивной логики. Высокая скорость поддерживается за счет реализации Owlgres поверх реляционной СУБД PostgreSQL.

Кстати, идея реализации онтологий на OWL (или других языках) поверх реляционных баз данных не нова. Вы уже слышали, на страницах моего сайта о Oracle Spatial... Кроме того, это оказывается и не так уже и сложно, когда есть математическая модель онтологий и навыки проектирования реляционных баз данных. Сложность скорее в той рутинной работе, которую нужно сделать, чтобы учесть все ньюансы OWL и LBASE.

В качестве языка запросов к онтологии OWL в Owlgres используется SPARQL-DL.

И, напоследок, уже доступна альфа-версия Owlgres, которую можно использовать как Sparql-точку доступа для создания, например, "умных" сайтов или web-сервисов.

PS. Помниться был еще один подобный проект по хранению онтологий в  Postgress (правда академический), но о нем уже года полтора ничего не слышно, а жаль - можно было бы сравнить, например, производительность.  И лицензия для использования была там получше ))

Если у вас есть информация о подобных проектах, пишите в коментариях ))