А так все упирается в количество времени, которое вы потратите на поиски ошибок трансляции из одно языка представления в другой.
Чесно говоря при необходимости для интеграции я бы написал XSLT преобразование и полностью контролировал бы процедуру склейки нескольких онтологий. Тем более логику слияния вы сами описывает и при необходимости модифицируете

Кроме OWL есть еще математические основы языка OWL – LBASE
А кроме LBASE, есть еще и MOF

А многоосновные миры – это вселенные со своим правилами и законами. Что касается многоосновных миров в OWL – это совокупности связанных отношениями базовых классов. От базовых классов строятся пользовательские классовые иерархии.
А базовые классы – это классы уровня Thing в редакторе Protege

На понятие мира можно смотреть с различных сторон.

продолжу рассуждение позже…

И вот еще про выявление противоречий агентом или пользователем, это, как мне кажеться, относиться также к проблеме интеграции онтологий – многие системы (PROMPT, Ontomerge) после анализа 2х онтолгий выносят предложения по установлению соответсвий, а эксперт уже соглашается или нет. Каким в этом случае может быть критерий качества таких программных продуктов, т.е. как сказать как лучше или какая хуже? И соответственно, в какую сторону, с Вашей точки зрения, улучшать.

а модификация структуры некоторого объекта на другом сервере ведет к возникновению противоречий в онтологии – а выявление таких противоречий это уже не проблема SW – это проблема агента или пользователя. Думаете почему такое широкое развитие получили нечеткие онтологии. Еще обратите внимание на то, что OWL уже версии 2, а показателя времени до сих пор нет, то есть глобально состояние объекта в развитии нельзя на уровне языка отследить.

Вообще по рекомендациям стоит модифицировать структуру только в плане добавления новых свойств и отношений, причем удаление,как операция крайне нежелательна (даже не возможна – иначе задача доходит чуть ли не до абсурда – нужно будет устранять противоречия для каждого экземпляра причем процедура устранения может быть индивидуальной для каждого экземпляра) .

Вообще мое наблюдение за такими проблемами выглядят так – при увеличении степени детализации описания предметного мира, многих проблем можно избежать. О чем речь – а речь о том, что в одном мире только один объект с одним символьным именем может иметь один смысл, а в другом мире этом смысл может быть изменен. А многоосновные миры поддерживаются как OWL 1 так и OWL 2

в многоосновном мире два объекта с одинаковым смыслом не являются эквивалентным, если не будет явно указана связь (еквивалентность).
Ведь смысл то для человека очевиден, а для машины нет

Вообще вопрос о возникающих противоречиях в онтологиях, а вообще и в любых структурированных систем – это извечный вопрос, который постоянно возникает и на который нет однозначного ответа.